La historia de la zona se remonta a épocas en que los territorios eran ocupados por grupos etnicos como los Wajindros, Cachimueles, Itambis y Tocagones, posteriormente se produjo la dominación incásica y la española. Con ésta última, se fundó el asiento de San Luis de Otavalo, aproximadamente en 1534, al cual pertenece actualmente la comunidad de Huaycupungo  donde se encontraba asentada originariamente el antiguo Otavalo.

 

En mayo de 1884, se realizó una reunión en la que participaron autoridades civiles y eclesiásticas, con la finalidad de definir límites a un terreno que pertenecía a la hacienda Pilchibuela de los Padres Agustinos y que fue entregado a Monseñor Pedro Rafael Gonzales y Calixto, el cual era Obispo de la Diócesis de Ibarra y colaboraba con las comunidades que para esa fecha se tenía en la zona, San Roque y San Miguel. Se decidió que en el centro de ambas comunidades se construya una iglesia, la casa parroquial, la cárcel y el despacho político y judicial.

 

El 7 de junio de 1884, durante la Presidencia de la República de Don José María Plácido y Caamaño se aprueba la parroquialización y se funda el 9 de junio del mismo año la Parroquia eclesiástica, a la que se le designa como San Rafael de la Laguna, en honor a Monseñor Pedro Rafael, se agrega de la Laguna con el objetivo de diferenciarla de otros sitios con idéntico nombre.

En San Rafael de la Laguna se celebraban fiestas como los Corazas, Pendoneros y San Juanes mismas que están relacionadas con las siembras, epocas de florecimientos y cosechas y a su vez coinciden con la celebración de festividades de orden religioso lamentablemente este tipo de celebraciones se han ido perdiendo paulatinamente por influencias externas.